Dottorato e punti continuità sede di titolarità

Ciao a tutti
sono un docente di ruolo con contratto a tempo indeterminato da sempre in servizio (di ruolo) nello stesso comune.
Ho vinto il dottorato di ricerca (SENZA BORSA) ed ho chiesto ed ottenuto il congedo straordinario per motivi di studio previsto (sono adesso al II anno). Vorrei sapere se il congedo in questione interrompe la continuità nel Comune (ben diversa dalla continuità nella Scuola per la quale il Dottorato non va conteggiato). Secondo un'attenta lettura delle Note contenute nel CCNI (Premessa, 5, 5bis) mi sembra che assolutamente non la interrompa e quindi è possibile conteggiare 1 punto per continuità nella sede (perdendo quella nella scuola), ma il mio DS non ne è convinto e ritiene che addirittura vada cancellata tutta la continuità pregressa (come se fossi uscito dal Comune) e che addirittura io venga posto in calce alla graduatoria come se non fossi nell'organico della scuola. Cosa potete dirmi in merito?
Grazie